Prueba una cosa, revolucionalo un poco mas en primera y metele la tercera con suavidad, de forma que quede bien de revoluciones al meterla, si no pasa, me decantaria por el piñon de la segunda marcha de la caja de cambios, que este malo, o los sincronizadores que los mueven o incluso rebuscando mas, el taco motor de abajo que sujeta el motor de oscilaciones hacia delante y hacia atras. Tambien por lo que leo puede que simplemente sea que algo al cambiar no haces bien, como empezar a acelerar antes de soltar completamente el embrague o que lo sueltes un poco mas rapido, ambas le pasan a mucha gente.
Saludos.